Am 23. August 1521 unterzeichnete Jakob Fugger die Stiftungsurkunde für seine später „Fuggerei“ genannte Wohnsiedlung. Stiftungen galten zu dieser Zeit als wertvolle christliche Tat. Sie konnten nach allgemeiner Überzeugung den Stiftern die zeitlichen Sündenstrafen verkürzen, die man im Fegefeuer erwartete. Wie die meisten seiner Zeitgenossen verstand sich Jakob Fugger zudem als Werkzeug der göttlichen Bestimmung. Auf einer Tafel von 1519 in der Fuggerei ist daher als Beweggrund für die Stiftungen Jakobs und seiner Brüder genannt, „ihr vom allerhöchsten und gütigen Gott empfangenes Vermögen diesem wieder zu erstatten“.
Neben der Fuggerei errichtete Jakob Fugger auch zwei weitere Stiftungen, die in der gleichen Stiftungsurkunde juristisch absicherte: die Grabkapelle der Familie Fugger bei St. Anna und die Prädikaturstiftung für St. Moritz. Auch diese Stiftungen existieren noch heute.
Die Stiftungsurkunde verpflichtet seit 1521 alle, die für die Fuggerei-Stiftung verantwortlich sind, den Stifterwillen von Jakob Fugger zu erfüllen. Die Kerngedanken der Urkunde müssen, soweit möglich, unverändert und auf ewig umgesetzt werden. Zugleich lässt die Urkunde Spielraum, um die Vorgaben sinnvoll und den Zeitumständen entsprechend auslegen zu können. Darin zeigt sich eine gewisse Weitsicht, denn so konnte die Fuggerei „mit der Zeit gehen“ und ihren Stiftungsauftrag in allen Epochen seit 1521 erfüllen.